Escrutadas el 80 % de las mesas de votación, el "sí" obtenía 91.2 % de votos, pero la abstención fue muy alta, y apenas uno de cada tres ciudadanos macedonios concurrió a las urnas.
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"Más de 90 %" de electores aprobaron el acuerdo con Grecia para cambiar el nombre de Macedonia y el Parlamento "debe confirmar la voluntad de la mayoría", dijo el primer ministro, Zoran Zaev.
El referéndum fue consultivo, y ahora el Parlamento debe estudiar la iniciativa que necesita por al menos dos tercios de sus miembros para ser aprobada, una mayoría de la que carecen el gobierno socialdemócrata y sus aliados de la minoría albanesa.
La Unión Europea (UE) urgió a respetar el resultado.
"Espero que todos los líderes políticos respeten esta decisión y la apliquen con la máxima responsabilidad, y unidad más allá de los partidos, en interés del país", dijo Johannes Hahn, comisario europeo de Negociaciones de Ampliación.
De concretarse, el cambio de nombre a "República de Macedonia del Norte" zanjaría un viejo conflicto con Grecia y los acercaría a la UE al levantar Atenas su veto.
El país balcánico, uno de los más pobres de Europa, quiere entrar en la UE, a la que muchos consideran como una promesa de estabilidad y de prosperidad.
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Pero su objetivo se ha topado una y otra vez con el veto de Grecia, que afirma que el nombre de Macedonia solo puede designar una de sus provincias septentrionales, alrededor de Tesalónica.
Desde que Macedonia se independizó de la desaparecida Yugoslavia en 1991, los griegos creen que trata de usurpar su patrimonio, especialmente el de Alejandro Magno, y que mantiene ambiciones territoriales ocultas.
Los años de poder de la derecha nacionalista macedonia (VMRO-DPMNE), que terminaron en 2017, tensaron aún más las relaciones bilaterales. El país se llenó entonces de estatuas y de referencias a Alejandro Magno y Filipo de Macedonia, enojando a los griegos.
En junio, sin embargo, Zaev firmó con el griego Alexis Tsipras un acuerdo para poner fin a esa disputa. Si se aprueba el nuevo nombre, Atenas dejará de oponerse al ingreso de su vecino en la OTAN y en la UE.