La Agencia de Seguridad Ferroviaria (RSR) señaló que los dos trenes, que circulaban en la misma dirección en la misma vía, chocaron el martes en una estación de Germiston, cerca de Johannesburgo, la ciudad más grande de Sudáfrica.
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En total, 226 personas resultaron "ligera o moderadamente" heridas en el accidente, precisó la fuente.
Según los primeros elementos de la investigación, la colisión se debió a un "error humano" que autorizó al segundo tren a entrar en la estación por la misma vía que el anterior.
El percance ocurre menos de una semana después de otro choque ferroviario que dejó 19 muertos.
La RSR tiene que presentar el miércoles los primeros resultados de sus investigaciones sobre las causas del accidente.
Tras estos dos siniestros, la Alianza Democrática (DA), principal partido de la oposición sudafricana, pidió al gobierno proceder a una inspección completa de la red de trenes del país, lamentando "la falta de inversiones en materia de seguridad ferroviaria".
Por su parte, el ministro de Transportes, Joe Maswanganyi, afirmó por su parte que 5 mil 600 millones de rands (unos 450 millones de dólares) habían sido presupuestados desde 2015 a 2018 para modernizar la señalización de la red, "descuidada desde hace años por el régimen del apartheid", según él.
Según la RSR, los accidentes ferroviarios han provocado 495 muertos y 2.079 heridos durante el año fiscal 2016-2017.