"A las 22:00 hora de Manila (14:00 GMT) Duterte declaró la ley marcial en toda la isla de Mindanao", anunció Ernesto Abella, el portavoz del presidente Rodrigo Duterte, en una comparecencia difundida por la televisión.
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Abella afirmó que la ley marcial estaría en vigor durante 60 días, conforme al límite que marca la Constitución.
Mindanao está formada por una isla grande que lleva el mismo nombre y varias islas más pequeñas, donde viven unos 20 millones de personas.
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Según Abella, Duterte acortará su viaje a Moscú, donde se encuentra actualmente, para regresar a Filipinas.
El anuncio se produjo después de los enfrentamientos entre docenas de militantes de un grupo vinculado al EI y las fuerzas de seguridad en una área de Marawi, una ciudad de unos 200 mil habitantes de Mindanao, a 800 kilómetros al sur de Manila, el martes.
Un policía y dos soldados perdieron la vida en los enfrentamientos, que comenzaron cuando policías y soldados irrumpieron en una vivienda en la que creían que se escondía Isnilon Hapilon, líder de la pandilla Abu Sayyaf y cabecilla del grupo EI en Filipinas.
El grupo Abu Sayyaf, establecido en Mindanao, ha secuestrado a cientos de filipinos y extranjeros desde principios de los 1990 para obtener dinero con los rescates.
También ha reivindicado los peores atentados ocurridos en el país, incluyendo el perpetrado en 2004 en un ferry en la bahía de Manila en el que murieron más de 100 personas.
Duterte, de 72 años, conocido por la sangrienta guerra que dirige contra el tráfico de drogas, había afirmado en varias ocasiones desde que fue investido presidente el año pasado que estaba dispuesto a declarar la ley marcial a nivel nacional, así como en Mindanao.
"Si declaro la ley marcial, acabaré con todos los problemas, no solo con las drogas", afirmó Duterte en marzo.