Tras un parejo primer tiempo, Martínez puso en ventaja al equipo del País Vasco a los 50 y Juanmi aumentó a los 62 en el estadio La Rosaleda en Málaga.
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Gracias a su tercera victoria en las últimas cuatro fechas, la Real desplazó al Villarreal del quinto puesto, firme en la zona de clasificación a las copas europeas.
Málaga no ha ganado en sus últimos cinco partidos y ha perdido tres seguidos, estancado en el 13ro peldaño.
El próximo partido del Málaga será como visitante ante el líder Real Madrid el próximo sábado. La Real, por su parte, recibirá al octavo de Celta de Vigo el domingo.